Trường Đại học Y Dược Hải Phòng đã và đang có quan hệ hợp tác về đào tạo, trao đổi cán bộ, sinh viên, nghiên cứu khoa học với các Trường Đại học của các nước: Pháp (Đại học Pari 5, 6,7,12, Đại học Tây Y Brest); Hà Lan (Đại học Y Maastricht); Mỹ (Đại học Iowa, Đại học Samford, Đại học Boston); Hungary (Đại học Semmelweis); Hàn Quốc (Đại học Quốc gia Chungnam, Đại học Y Inje, Quỹ Y học Seegene); Australia (Đại học Queensland và Đại học Sydney); Trung Quốc (Đại học Y Quảng Tây, Đại học Y Kunming); Nhật Bản (Đại học Kanazawa và Đại học Okayama); Đài Loan (Đại học Y Đài Bắc, Bệnh viện đa khoa cựu chiến binh Đài Bắc), Thái Lan (Đại học Chulalongkorn, Đại học Mahasarakham), Thụy Điển (Đại học Kristiaanstade)… Trường cũng tham gia tích cực các hoạt động của các Tổ chức quốc tế, như Tổ chức Pháp ngữ (AUF), Hội dược Lâm sàng Châu Á (ACCP), Hiệp hội các Trường đại học Dược Châu Á (AASP), Tổ chức Y tế thế giới tại Việt Nam,

Nhiều giảng viên của Trường đang theo học Tiến sỹ, Thạc sỹ và tham quan học tập ngắn hạn, trao đổi kinh nghiệm tại các nước trên thế giới. Hàng năm, Trường cũng đón tiếp nhiều giáo sư, sinh viên y, dược, điều dưỡng từ các nước Hoa Kỳ, Nhật Bản, Hàn Quốc, Pháp, Thụy Điển, Thái Lan đến thực tập.

Hàng năm, có các học bổng cho sinh viên đại học: sinh viên Y đa khoa của trường thực tập hè tại Đại học Kanazawa (Nhật Bản), sinh viên Răng Hàm Mặt thực tập tại Đại học Okayama (Nhật Bản), sinh viên hệ Điều dưỡng thực tập tại Đại học Kristiaanstade (Thụy Điển), sinh viên Dược thực tập tại Hàn Quốc (Đại học quốc gia Chungnam), Thái Lan (Đại học Chulalongkorn, Đại học Mahasarakham), Trung Quốc (Đại học Dược Trung Quốc, CPU),...

Trường đại học Y Dược Hải Phòng đã đăng cai và tổ chức thành công một số Hội nghị khoa học quốc tế lớn, như Hội nghị Dược lâm sàng Châu Á năm 2013 (ACCP2013, 13-15 tháng 9 năm 2013 với hơn 1000 đại biểu từ 24 nước tham dự), Diễn đàn Hiệu trưởng các Trường đại học Dược Châu Á (the 4th AASP, từ 24-26 tháng 6 năm 2016), Hội nghị về Năng lực sức khỏe Châu Á (tháng 11 năm 2016), các Hội nghị quốc tế về Răng Hàm Mặt, Bệnh phổi, Y học gia đình...